El PGOA utiliza tres fuente de financiamiento base: recursos fiscales provenientes del MAE; recursos del fondo de Áreas Protegidas, y recursos por gestionar, para aquellas actividades que no tienen un financiamiento identificado. Se pueden usar las fuentes de financiamiento requeridas por el Área Protegida de acuerdo a su gestión con cooperantes, privados, u otras instituciones públicas. El monto total puede ser financiado con varias o con una fuente de financiamiento.