Con la matriz lista se califican las amenazas para cada valor de conservación. En caso de que una amenaza no tenga mayor impacto sobre un valor de conservación, no se prioriza este para la gestión del área protegida, es decir, si bien se mantiene como valor de conservación, no se destinará para este esfuerzos técnicos ni presupuestarios.
Para calificar las amenazas se debe utilizar los siguientes criterios: