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Es la fase en la que se evalúa la situación actual del Área Protegida identificando el estado y los requerimientos de manejo de la misma. El diagnóstico debe incluir los siguientes elementos:

Análisis de amenazas y oportunidades de los valores de conservación (incluyendo amenazas climáticas y no climáticas - riesgos), en este punto se analizan las amenazas que generan impactos negativos sobre los valores de conservación del Área Protegida. Cada amenaza directa o indirecta deberá tener una descripción analítica.
Análisis de los principales problemas de integridad de los valores de conservación, en esta sección se debe evaluar la condición, tamaño y contexto de los valores de conservación del Área Protegida. En el caso de valores de conservación de filtro grueso, se debe realizar el análisis de integridad ecológica en relación a sus atributos de tamaño y contexto paisajístico.
Análisis de actores de la gobernanza y principales conflictos sociales relacionados con el Área Protegida. En esta sección se incluye un análisis de los principales instrumentos de planificación local relacionados con la gestión del área.
Análisis de la función social y económica del área, en este apartado se analizan los beneficios actuales y potenciales que se generan en el Área Protegida (servicios ambientales, valores de uso). Cada beneficio deberá tener una descripción analítica de la relación: biodiversidad, servicios ambientales y bienestar humano.
Análisis de la gestión del Área Protegida, en esta sección se analizará la evaluación de cumplimiento del plan de manejo, efectividad de manejo y planes de gestión operativa anual, entre otros.
Análisis financiero del Área Protegida, en este punto se debe realizar una determinación de gastos e inversiones, fuentes de financiamiento y el análisis de brechas de financiamiento históricas.”

La zonificación es la organización del territorio del Área Protegida en función de la categoría de manejo, la cual a su vez, está definida por el valor de sus recursos naturales y de su capacidad de acogida para los distintos usos. La zonificación es la base para la gestión del Área Protegida.
Miremos detalladamente en la siguiente figura cómo se denominan las zonas que pueden tener un Área Protegida, sus principales objetivos y sus respectivos usos.

Zonas	Objetivos	Usos
Zona de protección absoluta	Conservar la diversidad biológica, mantener los procesos ecológicos y los servicios ambientales asociados, a largo plazo	Protección de biodiversidad, generación de servicios ambientales, mantención de procesos ecológicos
Zona de recuperación	Disminuir impactos negativos de actividades humanas o de eventos naturales y fomentar la restauración de ecosistemas	Recuperación de la biodiversidad, servicios ambientales y procesos ecológicos
Zona de uso público y recreación	Brindar espacios de recreación, turismo y contacto con la naturaleza	Visitación de parte de usuarios, construcción de infraestructura (centros de interpretación, campamentos, senderos, etc)
Zona de uso y manejo especial	Manejar y aprovechar sostenible mente los recursos naturales	Aprovechamiento sostenible de recursos naturales, ordenamiento de asentamientos